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Les membres de ces groupes de bactéries sont les plus employés souvent comme indicateurs de contamination possible d'eaux d'égout parce qu'ils sont généralement trouvés en résidus humains et animaux. Bien qu'ils ne soient généralement pas néfastes eux-mêmes, ces bactéries peuvent indiquer la présence possible d'autres bactéries (maladie-causantes) pathogènes, virus, et protozoans, tels que la dysenterie, l'hépatite A, et le choléra (EPA 1986, 1997). En conséquence, leur présence dans les courants est considérée comme posere un risque sanitaire. Sources de contamination fécale aux eaux de surface inclure des usines de traitement des eaux résiduaires, des engrais d'animaux de fosses septiques, domestiques et sauvages sur place, et l'écoulement de tempête. Les groupes de bactéries ont des critères de niveaux variables. Selon le département de la Californie de la santé, le niveau admis maximum des bactéries coliformes est 10 000 MPN/100 ml, basés sur un échantillon d'eau simple, pour la récréation de contact d'eau (CSAD 2006). Les 1986) critères de sept jours d'Escherichia coli de moyen géométrique d'EPA (pour la récréation de contact d'eau, basés sur cinq échantillons ou plus par période de 30 jours, est 126 MPN/100 ml avec un maximum indiqué de plage de 235 MPN/100 ml. Les concentrations d'enterocoques dans les eaux de plage se baignante ne devraient pas dépasser 61 MPN/100 ml (EPA 1986). Les appréciations de la qualité nombreuses de l'eau rapportent des concentrations bactériennes dans l'exceedance des critères de qualité de l'eau. Les données disponibles démontrent des niveaux élevés des concentrations de bactéries dans la ligne de partage inférieure de crique de séquoia (Stillwater 2005, Lendvay et Benning 2006, HI ea 2009). Parmi les études, on l'accepte que les sources primaires de contamination de bactéries incluent des sources septiques humaines, des opérations stables, des équipements de toilettes et l'utilisation humaine fréquente. En mi-1990 s, le NPS a mis en application un programme de contrôle intensif de qualité de l'eau dans la ligne de partage inférieure de crique de séquoia, se concentrant sur l'opération et les pratiques de gestion stables à la laiterie de Golden Gate (Vore 1997). Pendant la surveillance 1997-1998, les eaux ont été examinées pour la coliforme fécale à Muir Woods, manière Pacifique, à Muir Beach, à la laiterie de Golden Gate, et à la crique verte de Gulch. Dans ces essais, la coliforme fécale médiane aux sites ascendants de Muir Woods et le Gulch vert étaient dans des critères d'état, alors que les échantillons en aval à la manière Pacifique, à la laiterie de Golden Gate, et à la grande lagune dépassaient des limites de détection de laboratoire et des normes dépassées de santé, indiquant la contamination fécale de coliforme (Stillwater 2005).

Lendvay et Benning (2006) ont rapporté 2006 mesures fécales de coliforme au-dessous de la limite maximum d'état pour la coliforme fécale de 400 colonies/100 ml. Le recensement des bactéries le plus élevé dans la ligne de partage a été enregistré à Muir Beach, au plus bas site de échantillonnage en aval d'élévation et et autre. Comme prévu, Muir Beach a également exhibé le nombre le plus élevé de colonies d'Escherichia coli (± 15,70 de 27 MPN/100mL), et les plus hauts enterocoques comptent (117 MPN/100mL), qui dépassent des critères de limites d'état (Lendvay et Benning 2006). L'analyse complémentaire récente des données rassemblées par NPS en 2004-2005 conduit par les sciences de Stillwater (2005) suggère que les pratiques en vigueur d'utilisation des terres aux écuries et à d'autres emplacements continuent à résulter à éléments nutritifs et à bactéries supérieurs à la ligne de partage inférieure. Surveillance de MARAIS conduite pendant la saison sèche d'été, à un emplacement simple dans la crique de rodéo a rapporté des concentrations en Escherichia coli de 120 MPN/100 ml (RWQCB 2009, 2010c). L'échantillonnage des efforts a rapporté dans comptes des coliformes trouvés de l'institut ea de promontoires les 2009) (dans la crique de rodéo s'étendant entre 240 et 900 unités fécales de coliforme par 100mL ; ce qui dépasse des objectifs d'eau de surface. La surveillance de MARAIS en Tennessee Valley Creek n'a pas inclus ce paramètre.

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